党的宗教工作基本方针是我们党在革命、建设和改革的长期实践中形成的。早在新民主主义革命时期，我们党就在《中华苏维埃宪法大纲》《晋察冀边区军民代表大会决议案》和《新华日报》社论《共产党对宗教的态度》中，明确提出尊重宗教信仰自由。新中国成立后，第一届全国人民代表大会通过的《中华人民共和国宪法》明确规定，“中华人民共和国公民有宗教信仰的自由”。1982年，中共中央下发《关于我国社会主义时期宗教问题的基本观点和政策》，明确提出“尊重和保护宗教信仰自由，是党对宗教问题的基本政策”。
　　新中国成立后的相当长时期内，我国政府管理宗教事务的模式主要是依靠政策引导、思想教育和群众工作等。随着改革开放和社会主义市场经济发展，宗教工作涉及大量的社会公共事务，根据依法治国方略的要求，宗教事务逐步纳入依法管理范围。1991年《中共中央、国务院关于进一步做好宗教工作若干问题的通知》第一次明确提出，“依法对宗教事务进行管理”，后又在有关文件法规中重申，并于2004年制定颁布了《宗教事务条例》等一系列有关宗教工作的规章。
　　独立自主自办教会是新中国成立后针对天主教、基督教传入我国后长期受外国势力控制和利用的事实，由我国信教群众作出的自主选择。1950年7月，吴耀宗等40名基督教代表人物，联名发表《中国基督教在新中国建设中努力的途径》的“三自宣言”，表明中国基督教徒拥护新中国，摆脱帝国主义势力的控制，实现中国教会自治、自养、自传的主张。同年11月，四川省广元县天主教神父王良佐和500多名教徒发表《天主教自立革新宣言》，号召中国天主教徒坚决与帝国主义割断各方面联系，建立自治、自养、自传的新教会。中国基督教爱国会和中国天主教爱国会于1954年和1956年相继成立，中国基督教、天主教走上独立自主自办教会的道路。1982年，中共中央下发的《关于我国社会主义时期宗教问题的基本观点和政策》中，明确提出“要坚持独立自主、自办教会的原则”。1994年1月，国务院颁布《中华人民共和国境内外国人宗教活动管理规定》，明确提出“中国的宗教团体和宗教事务不受外国势力支配”的原则。
　　引导宗教与社会主义社会相适应的要求，最早可以追溯到新中国成立初期。1950年，周恩来同宗教界人士座谈时指出，宗教界应该“使宗教活动有益于新民主主义社会”。1982年在讨论制定《关于我国社会主义时期宗教问题的基本观点和政策》文件中，李维汉提出“宗教要与社会主义相适应”。1986年赵朴初在全国政协六届四次会议发言中，提出宗教与社会主义社会相协调有两个方面基本条件，即党和国家尊重和保护宗教信仰自由，宗教徒积极为社会主义物质文明和精神文明建设服务。1990年6月，《中共中央关于加强统一战线工作的通知》提出，要引导宗教“同社会主义制度相适应”。1991年2月，中共中央、国务院下发《关于进一步做好宗教工作若干问题的通知》，提出“使宗教同社会主义社会相适应”。1992年5月，中共中央办公厅转发的中央统战部《九十年代统一战线部门工作纲要》提出，“积极引导宗教与社会主义社会相适应”。
　　在上述基础上，2002年党的十六大报告指出，宗教工作要“全面贯彻党的宗教信仰自由政策，依法管理宗教事务，积极引导宗教与社会主义社会相适应，坚持独立自主自办的原则”。2003年中央召开的全国宗教工作座谈会明确提出，“全面贯彻党的宗教信仰自由政策，依法管理宗教事务，坚持独立自主自办的原则，积极引导宗教与社会主义社会相适应”，是党的宗教工作基本方针。
　　宗教工作基本方针的“四句话”是一个有机整体，前三句是重大政策和原则，后一句是根本方向和目的。