新疆历来是多民族聚居和多种宗教信仰并存地区。古代存在原始宗教、萨满教、祆教、景教和摩尼教等。公元前4世纪起，祆教、佛教等沿着丝绸之路相继传入，逐步形成了多种宗教并存的格局。一教或两教为主、多教并存是新疆宗教格局的历史特点，交融共存是新疆宗教关系的主流。
　　新疆多种宗教并存格局形成和演变是漫长的历史过程，始终与复杂的社会政治斗争和民族关系交织在一起。公元前4世纪以前，新疆流行的是原始宗教。大约公元前1世纪，佛教传入新疆地区，4世纪至10世纪，佛教进入鼎盛时期。同期，祆教流行于新疆各地。至16世纪末17世纪初，藏传佛教在北疆地区逐渐兴盛起来。道教于5世纪前后传入新疆，主要盛行于吐鲁番、哈密等地，至清代传播至新疆大部分地区并一度复兴。摩尼教和景教于6世纪相继传入新疆。10世纪至14世纪，景教随着回鹘等民族信仰而兴盛。
　　9世纪末10世纪初，伊斯兰教传入新疆。喀喇汗王朝接受伊斯兰教以后，于10世纪中叶向信仰佛教的于阗王国发动40余年宗教战争，11世纪初攻灭于阗，强制推行伊斯兰教，结束了佛教在这个地区千余年的历史。随着伊斯兰教的不断传播，祆教、摩尼教、景教等宗教日趋衰落。14世纪中叶，东察合台汗国统治者以战争等强制手段，将伊斯兰教推广到新疆全境，强迫当地居民信仰了伊斯兰教。至16世纪初，新疆形成了以伊斯兰教为主、多种宗教并存的格局并延续至今。18世纪开始，基督教、天主教、东正教相继传入新疆。
　　维吾尔族改信伊斯兰教具有多重历史因素。维吾尔族先民最初信仰原始宗教和萨满教，后来相继信仰过祆教、佛教、摩尼教、景教、伊斯兰教等。直到今天，仍有一些维吾尔族群众信奉其他宗教，也有许多人不信仰宗教。伊斯兰教传入新疆地区，与阿拉伯帝国兴起和伊斯兰教由西向东扩张有关。维吾尔族信仰伊斯兰教，不是当时民众主动改信和转型，而是宗教战争和统治阶级强制推行的结果。虽然这种强迫并不影响人们今天尊重维吾尔族群众信仰伊斯兰教的权利，但它是一个历史真实。伊斯兰教传入新疆地区以后就沿着中国化方向发展，经过长期与新疆各民族传统信仰和文化融合，逐渐成为中华文化的一部分，并表现出地域特征和民族特色。伊斯兰教既不是维吾尔族天生信仰的宗教，也不是唯一信仰的宗教。
　　20世纪70年代末80年代初，境外伊斯兰原教旨主义极端思潮进入新疆并不断渗透蔓延，成为新疆暴力恐怖活动多发频发的主要思想根源。宗教极端思想完全违背了宗教教义，是民族分裂主义和暴力恐怖主义的思想基础。宗教极端思想鼓吹“神权政治论”“宗教至上论”“异教徒论”“圣战论”等，宣传极端思想和反动主张，鼓吹暴力恐怖活动，制造族群对立，同伊斯兰教倡导爱国、和平、团结、中道、宽容、善行的教义背道而驰，因此必须依法严厉打击宗教极端势力。