中央高度重视依法加强对藏传佛教事务的管理，推动建立藏传佛教寺庙管理长效机制，切实加强藏传佛教代表人士队伍建设，为藏传佛教建立正常秩序奠定了坚实的基础。
　　1. 藏传佛教寺庙管理法规体系。2004年国务院颁布的《宗教事务条例》，为制定藏传佛教依法管理的配套政策法规提供了依据。2007年颁布的《藏传佛教活佛转世管理办法》，规范了藏传佛教活佛转世程序，有效遏制了非法乱认活佛现象。2010年颁布的《藏传佛教寺庙管理办法》，确立了藏传佛教寺庙的管理制度、寺庙监督制度、教职人员管理制度、学经班管理制度、大型宗教活动管理制度等。2010、2011年又分别制定了《藏传佛教教职人员资格认定办法》和《藏传佛教寺庙主要教职任职办法》等规章制度。
　　2. 活佛转世工作。这既是贯彻党的宗教信仰自由政策的重要内容，也是抵制达赖集团渗透的重点。1997年，国务院办公厅转发了有关活佛转世管理的意见，总结班禅转世的成功经验，明确了活佛转世的指导思想和根本原则，对于加强和掌握藏传佛教活佛转世管理工作的主导权，坚决挫败达赖集团插手活佛转世的分裂阴谋，规范活佛转世程序，净化活佛转世环境，具有重要意义。2007年，国家宗教事务局又出台了《藏传佛教活佛转世管理办法》，建立了与社会主义社会相适应的活佛转世制度，进一步将活佛转世工作纳入规范化、法制化轨道。根据中央精神和《办法》规定，各地结合实际积极稳妥地开展活佛转世工作，依法稳妥处理了一批达赖集团在境内外非法认定的活佛，初步扭转了活佛转世领域的混乱局面。
　　3. 藏传佛教寺庙管理长效机制。长期以来，达赖集团利用寺庙对西藏和四省藏区进行渗透破坏活动，一些寺庙问题积累较多，成为闹事和分裂活动的根源地，成为影响社会稳定和阻碍藏传佛教建立正常秩序的重要因素。建立藏传佛教寺庙管理长效机制，是深入开展反分裂斗争的需要，是积极引导藏传佛教与社会主义社会相适应的需要，也是实现寺庙长治久安的重要保障。2009年，中央下发《关于建立健全藏传佛教寺庙管理长效机制的意见》，强调寺庙管理要把以法律规章为依托的依法管理、以爱国爱教僧尼为主体的民主管理、以党和政府相关部门为主体的社会管理相结合，明确了政府在寺庙管理中的责任，坚持分级负责的属地管理原则；针对寺庙管理中存在的突出问题，明确了解决的基本原则和具体要求；进一步把寺庙纳入社会管理范畴，强调依法管理和提供公共服务相结合；明确代表人士培养的重要性和具体措施。目前，藏传佛教寺庙管理长效机制已逐步建立，初见成效。
　　4. 藏传佛教界代表人士培养工作。这是藏传佛教工作的重中之重，直接关系到藏传佛教爱国力量建设，关系到抵御境外敌对势力和达赖集团的渗透破坏，关系到引导藏传佛教与社会主义社会相适应。从20世纪50年代开始，我们党就注重发挥藏传佛教界爱国力量的作用，注重培养一支爱国爱教的宗教人士队伍。在西藏和平解放、民主改革、平息拉萨骚乱、班禅转世等复杂尖锐的关键时刻，一大批藏传佛教界爱国人士经受住了考验，发挥了特殊作用。